男性生殖系统从关键的胚胎结构发育而来，包括生殖嵴以及沃尔夫管和米勒管。生殖嵴，受源自卵黄囊的生殖细胞迁移的影响，形成性腺原基，这些原基将发育成睾丸或卵巢。沃尔夫管，早在前肾阶段就已存在，在男性中分化为输精管和输尿管，而米勒管则退化，留下前列腺小囊等遗迹。
睾丸下降是一个关键过程，由睾丸引带协调，它将睾丸向下拉。这种运动受到周围组织差异生长和腹股沟韧带收缩的影响。同时，肝脏运动在腹膜腔的组织和泌尿生殖系统的发育中起着重要作用。前列腺则从前列腺小囊（米勒管的遗迹）发育而来，整合了内胚层和间充质来源的上皮组织。这个复杂的过程说明了胚胎结构在男性生殖系统形成中的相互关联。