咽扁桃体在免疫系统中扮演着基础角色，特别是作为韦氏环的组成部分。它们与蝶枕系统的动态密切相关，而蝶枕系统对于呼吸和消化防御至关重要。蝶枕联合的适当活动对于开放免疫识别和交换的通道至关重要。颅骶系统的治疗也可以增强免疫力，强调了颅骨结构与免疫系统之间的相互联系。
在分子层面，扁桃体含有与盲肠（被认为是消化扁桃体）相似的免疫球蛋白和淋巴细胞。肠道失衡会影响免疫系统，因此在治疗咽炎和扁桃体炎等耳鼻喉疾病时，需要采取综合方法。此外，儿童的发育年龄至关重要，因为生命的前十年对免疫系统的成熟起决定性作用。咽鼓管和耳道等解剖结构之间的关系揭示了环境和饮食因素对儿童听力和免疫健康的重要性。